Lietuvos studentų sąjungos veiklą koordinuoja:
- Konferencija
- Taryba
- Valdyba
- Prezidentas
- Viceprezidentas
- Priežiūros komitetas
Konferencija yra aukščiausia valdančioji struktūra, šaukiama ne rečiau kaip kartą per metus. Ją sudaro tikrųjų narių deleguoti atstovai, kurie sprendžia tokius klausimus, kaip Sąjungos įstatų ir darbo reglamento (tai pagrindiniai dokumentai, kuriais grindžiama organizacijos veikla) tvirtinimas bei keitimas. Konferencija taip pat vertina Studentų sąjungos veiklą, dvejų metų kadencijai renka prezidentą bei Kontrolės komiteto narius.
Antras pagrindinis organizacijos valdymo organas – Taryba. Ji vykdo visas valdymo funkcijas tarp Konferencijų ir formuoja Lietuvos studentų sąjungos veiklos kryptis. Tarybą sudaro Prezidentas ir po vieną atstovą iš kiekvienos organizacijos narės.
Studentų sąjungos Valdyba organizacijai vadovauja tarp Tarybos posėdžių. Ją sudaro septyni asmenys: Valdybą sudaro 7 (septyni) nariai – Prezidentas (pagal pareigas) ir 6 (šeši) dvejų metų kadencijai Taryboje išrinkti tikrųjų LSS narių esami ar buvę nariai. Valdybos sudėtis kasmet atnaujinama renkant 3 (tris) narius. Valdybos nariai renkami LSS reglamento nustatyta tvarka. Valdybos narius renka tikrieji nariai.
Valdyba rengia ir, įvertinusi Tarybos išvadą dėl LSS veiklos strategijos projekto, teikia Konferencijai tvirtinti LSS veiklos strategiją, pagal LSS veiklos strategiją tvirtina LSS veiklos planą, svarsto ir tvirtina LSS biudžeto projektą, pagal kompetenciją priima sprendimus dėl LSS pozicijų.
Svarbiausia Prezidento funkcija yra atstovauti organizaciją. Jis taip pat tiesiogiai koordinuoja viceprezidento bei LSS biuro darbą ir Studentų sąjungos finansinę bei ekonominę veiklą, atsako už Sąjungos veiklos programos kūrimą ir įgyvendinimą. Pagal organizacijos įstatus Prezidentas renkamas dvejiems metams, kadencija pratęsiama tik kartą.
Viceprezidentas – padeda Prezidentui vykdyti ir organizuoti LSS veiklą bei vykdo kitas Įstatuose nustatytas funkcijas. Viceprezidentas gali laikinai eiti Prezidento pareigas, jei jam tokius įgaliojimus suteikia Prezidentas arba Valdyba.
Priežiūros komitetas tikrina Studentų sąjungos veiklos teisėtumą ir materialinių išteklių panaudojimo tikslingumą. Komitetas Konferencijai teikia organizacijos finansinės veiklos patikrinimo ataskaitą.